Stawki procentowe opłaty rocznej uzależnione są od celu na jaki nieruchomość została oddana w użytkowanie wieczyste. Wynoszą one:

• 0,3% ceny w przypadku nieruchomości oddanych na cele obronności i bezpieczeństwa państwa, w tym cele przeciwpożarowe, nieruchomości pod budowę obiektów sakralnych wraz z obiektami towarzyszącymi (takimi jak plebanie w parafiach diecezjalnych i zakonnych, archiwa i muzea diecezjalne, seminaria duchowne, domy zakonne oraz siedziby naczelnych władz kościołów i związków wyznaniowych) oraz nieruchomości oddane w użytkowanie wieczyste na działalność charytatywną, niezarobkową działalnośc opiekuńczą, kulturalną, leczniczą, oświatową, wychowawczą, naukową lub badawczo-rozwojową
• 1% ceny - za nieruchomości gruntowe oddane na cele mieszkaniowe, na realizację urządzeń infrastruktury technicznej i innych celów publicznych oraz działalność sportową
• 2% ceny - za nieruchomości gruntowe na działalność turystyczną
• 3% ceny - za pozostałe nieruchomości

O ile po oddaniu nieruchomości w użytkowanie wieczyste nastąpi trwała zmiana sposobu użytkowania wieczystego, stawka opłaty rocznej dostosowana zostaje do nowego sposobu korzystania. Od opłat rocznych, podobnie jak w przypadku opłaty pierwszej, właściwy organ może udzielić bonifikaty. Ponadto, osobom, których dochód na członka rodziny nie przekracza 50% średniego miesięcznego wynagrodzenia w gospodarce narodowej za ostatni kwartał roku poprzedzającego rok, w którym naliczona zostaje opłata, na ich wniosek właściwy organ udziela bonifikaty w wysokości 50%, o ile nieruchomość wykorzystywana jest na cele mieszkaniowe. W odpowiedni sposób przepis ten ma zastosowani również do członków spółdzielni mieszkaniowych, poprzez ulgę w opłatach z tytułu kosztów eksploatacji budynków. Ulga ta odpowiada bonifikacie za użytkowanie wieczyste gruntu w udziale przypadającym na lokal zajmowany przez tę osobę.